Y12航空物探綜合測量系統由HDY-402三頻航空電磁儀，GB-4A航空氦光泵磁力儀、GR-820多道伽瑪能譜儀組成，包括數字收錄監控、無線電高度、氣壓高度、溫度等輔助測量設備。系統基于Y12飛機平臺，適合超低空作業。平原區平均飛行高度一般小于50米，丘陵區飛行高度一般小于70米，平均測量效率約120公里/小時。北斗時鐘保證各采集器高動態下的時間頻率嚴格統一，提升了系統效率和采集精度。